印花税的货物运输合同的计税依据是以运费收入不含税20万依据，依0.5‰计算印花税。

《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括：

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1.货票(发站发送货物时使用)。

2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。

3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。

上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。

找法网提醒你，对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。

货物运输合同印花税的申报：在税务或者印花税代购点购买印花税票直接贴在货物运输合同上。

1.货物运输合同是按运费发票（铁路、公路、水路运输发票，不包括出租车发票）金额来计算，即使没有合同，有运费发票（包括国际货运发票）也要缴纳印花税，而且按发票全额计算印花税，不扣除进项税部分。但是运费发票中记载的装卸费保险费等可以在计算印花税时扣除。

2.货物运输合同包括民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同，按运输费用0.5‰贴花。

货运合同纠纷可以由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。此外，还可以由货运合同双方当事人书面协议确定的法院管辖，书面协议可以选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院，但不能违反级别管辖的规定。