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公司与个人签租车协议的流程如下：

1. 车辆租赁者经集团主管领导批准交清车款后，由公司财务处出具已缴齐款项证明。

2. 车辆租赁者本人携带身份证原件、复印件两份，行车证、驾驶证正副证复印件各一份及本人两寸免冠照片两张到营运管理处办理合同签订手续。

3. 租赁合同签订前，车辆租赁者本人认真阅读上线申请书、经营承诺书、经营保证书、漯河市公共交通有限责任公司车辆租赁合同，双方无异议后，方可签订租赁合同。合同一式两份，甲乙双方各执一份。

4. 合同签订完毕，营运管理处开具上线通知书，安排车辆租赁者上线营运。

按照税法相关规定，租赁合同印花税税率应该按租赁合同记载金额的千分之一计算印花税。

购买印花税票自行贴花、并划线注销。租赁合同如果只规定了月(或年、或日)租金标准而无租赁期限的，可在签订合同时先按定额5元贴花，以后结算时再按实际金额计税，补贴印花。

如果税金在五百块以上，或者要反复贴花的，去填纳税申报表。两个立合同的人都要计算缴纳并粘帖印花税。应纳税额在一角以上，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算，对财产租赁合同规定了最低一元 的应纳税额起点，税额超过一角但不足一元的，按一元纳税。

找法网提醒你，公司与车主签订车辆租用协议，车主收取租金。公司所付租金可以在所得税前扣除，但必须取得正式发票；车主须到税务局申请开租赁业发票，缴纳增值税、城市维护建设税、教育费附加，并按“财产租赁所得”缴纳个人所得税。